文章概述
DNA修飾在形式和功能上有所不同,但一般不會(huì )改變沃森-克里克的堿基互補配對原則。藍細菌噬菌體S-2L基因組DNA中的2,6-二氨基嘌呤(Z)是個(gè)例外,它完全取代了腺嘌呤,并與胸腺嘧啶配對形成三個(gè)氫鍵進(jìn)而改變了沃森-克里克堿基配對。Z-基因組DNA也影響了雙鏈DNA的物理、化學(xué)和機械性質(zhì),然而44年以來(lái),Z基因組的生物合成、廣泛程度和重要性仍未被探索。
噬菌體編碼的PurZ是嘌呤生物合成途徑中腺苷酸琥珀酸合成酶(PurA)的同源蛋白。在多種生物體中,PurA和腺苷琥珀酸裂解酶(PurB)催化肌苷5’-單磷酸(IMP)轉化為腺苷5’-單磷酸(AMP)。作者利用生物信息學(xué)分析驗證了PurZ參與類(lèi)似反應來(lái)產(chǎn)生Z核苷酸。通過(guò)酶學(xué)方法作者驗證了多個(gè)噬菌體PurZ的酶活性,PurZ和PurB通過(guò)兩步酶促反應生成dZMP。隨后dZMP經(jīng)過(guò)兩步磷酸化形成二氨基-2’-脫氧腺苷5’-三磷酸(dZTP),最后通過(guò)聚合酶并入噬菌體基因組中;同時(shí)作者也表征了噬菌體基因組編碼的HD結構域類(lèi)水解酶 (dATPase)和DUF550結構域蛋白的功能。dATPase可以特異性地從宿主的核苷酸庫中去除dATP及其前體dADP,阻止A堿基摻入噬菌體基因組,從而促進(jìn)Z基因組的合成。含有DUF550結構域的酶可以提高dZTP水平,消耗dATP來(lái)促進(jìn)Z摻入。
作者發(fā)現了上百個(gè)噬菌體中都含有保守的PurZ基因,并選擇其中一株噬菌體-鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體SH-Ab 15497進(jìn)行了Z-基因組的驗證。實(shí)驗結果表明,在SH-Ab 15497的基因組中,Z幾乎完全取代了A與T配對,含有Z的基因組并不局限于已知的藍細菌噬菌體S-2L,它的存在可能比之前所認為的更廣泛。
本文報道的Z-基因組生物合成系統,可以促進(jìn)Z- DNA的生產(chǎn),用于各種新興應用。顯然,大自然已經(jīng)想出了一種實(shí)現增加堿基多樣性這一目標的方法。作者的研究結果可能會(huì )激發(fā)人們對生命起源和天體生物學(xué)的跨學(xué)科研究的興趣。
(Z基因組的生物合成途徑)
本文中使用GenStar的優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品:
StarRuler Color Prestained Protein Marker(10-245 kDa)
(GenStar蛋白Marker結果圖,引自原文)
StarPrep Gel Extraction Kit(Cat#D205)
產(chǎn)品特點(diǎn)
簡(jiǎn)單快速:膜結合液與膠塊比例優(yōu)化,避免反復上樣;
高回收率:回收效率可達 90%;
操作安全:無(wú)需苯酚/氯仿抽提;
人性化設計:高品質(zhì)耗材的人性化設計,方便使用。
StarRuler Color Prestained Protein Marker (10-245kDa)(Cat#M222)
產(chǎn)品特點(diǎn)
寬廣分子量范圍;
精準的指示位置;
清晰的條帶示蹤;
人性化的色彩設計。
驚喜福利
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